WGBS甲基化測(cè)序
DNA甲基化是重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記信息，獲得全基因組范圍內(nèi)所有C位點(diǎn)的甲基化水平數(shù)據(jù)，對(duì)于表觀遺傳學(xué)的時(shí)空特異性研究具有重要意義。我們以新一代高通量測(cè)序平臺(tái)為基礎(chǔ)，進(jìn)行低成本、高效率、高準(zhǔn)確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。特定物種的甲基化修飾模式的分析，必將在表觀基因組學(xué)研究中具有里程碑式的意義，并為細(xì)胞分化、組織發(fā)育等基礎(chǔ)機(jī)制研究，以及動(dòng)植物育種、人類健康與疾病研究奠定基礎(chǔ)。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)：
（1）全基因組范圍內(nèi)定量的分析甲基化位點(diǎn)；
（2）單堿基分辨率；
（3）Bisulfite的轉(zhuǎn)化效率達(dá)99％以上。
技術(shù)線路：
樣本準(zhǔn)備：
（1）樣品總量：≥ 3ug;
（2）樣品濃度：≥ 50ng/ul；
（3）樣品純度：OD值260/280應(yīng)在1.8～2.0;
（4）樣品質(zhì)量：基因組完整、無降解、無污染；
（5）樣品包裝：用封口膜密封樣品，DNA低溫運(yùn)輸（-20℃）。
數(shù)據(jù)分析：
應(yīng)用案例：
研究背景：
1.胞嘧啶甲基化是一種存在多種真核生物DNA中的表觀遺傳標(biāo)記，盡管DNA甲基化多在基因沉默中有著保守的作用，但DNA甲基化的水平和模式在不同生物體中存在極大的差異。
2.利用全基因組鳥槍法重亞硫酸測(cè)序（WGBS-Seq）,對(duì)雄蜜蜂、海鞘、小鼠、斑馬魚、綠衣藻、粳稻、擬南芥、楊樹8個(gè)物種比較，利用得到的數(shù)據(jù)分析結(jié)果可以幫助研究者選擇合適的模式生物進(jìn)行研究，還可以證明WGBS-Seq的多功能性。
研究方法：
1.從雄蜜蜂、海鞘、小鼠、斑馬魚、綠衣藻、水稻、擬南芥、楊樹8個(gè)物種的組織提取DNA。
2.WGBS-Seq 測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建。
3.Illumina GA 測(cè)序，分別得到118.4Mb-2.72Gb序列數(shù)據(jù)。
4.生物信息學(xué)分析。
分析結(jié)果：
1. 開花植物甲基化模式很類似，均檢測(cè)到甲基化的胞嘧啶。而動(dòng)物中基本都是CG甲基化。除CpG島外，脊椎動(dòng)物整個(gè)基因組都存在甲基化，且大多數(shù)生物基因組甲基化都很保守傾向于外顯子，海鞘和蜜蜂中基因是主要的甲基化靶點(diǎn) ，綠衣藻有特別的甲基化模式，非CG甲基化主要集中在基因的外顯子而不是重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座子中。
2. Dnmt1(Mouse, Zebrafish)/ MET1 (Arabidopsis)的輔助因子Uhrf1(Mouse, Zebrafish)/VIM(Arabidopsis)有著保守的功能，維持小鼠、擬南芥和斑馬魚基因組中轉(zhuǎn)座子和基因的CG甲基化。
