small RNA測序
small RNA是生命活動(dòng)重要的調(diào)控因子，在基因表達(dá)調(diào)控、生物個(gè)體發(fā)育、代謝及疾病的發(fā)生等生理過程中起著重要的作用,包括miRNA、piRNA和siRNA，公司可以提供各類small RNA的測序服務(wù)。
A. miRNA: 是一種長度為21～25nt的單鏈小分子RNA。它廣泛存在于真核生物中，成熟的miRNA是由具發(fā)夾結(jié)構(gòu)單鏈RNA前體（pre miRNA）經(jīng)過Dicer酶加工而成，主要通過與靶標(biāo)基因不完全互補(bǔ)結(jié)合來調(diào)控靶基因的表達(dá)。miRNA在細(xì)胞發(fā)育、生物標(biāo)志物、腫瘤等多個(gè)領(lǐng)域中有廣泛的應(yīng)用。
B. piRNA: 是一類長度為26～31nt單鏈的小RNA，大部分集中在29～30nt。piRNA的表達(dá)具有組織特異性，只存在于具有全能性的動(dòng)物細(xì)胞，如生殖細(xì)胞、腫瘤細(xì)胞和干細(xì)胞等。piRNA通過與Piwi亞家族蛋白結(jié)合形成piRNA復(fù)合物（piRC）來發(fā)揮生物學(xué)功能（沉默轉(zhuǎn)錄基因過程，維持生殖系和干細(xì)胞功能，調(diào)節(jié)翻譯和mRNA的穩(wěn)定性）。此外，piRNA在一些癌癥細(xì)胞中存在異常表達(dá)的現(xiàn)象，提示piRNA可能參與癌癥的發(fā)生，并可作為癌癥診斷和治療中的潛在生物標(biāo)記物。
C. siRNA： 內(nèi)源性干擾小RNA（siRNA, Small interfering RNA），包括ta-siRNA、ra-siRNA和nat-siRNA。ta-siRNA：天然反義轉(zhuǎn)錄小干擾RNA，由TAS基因編碼，miRNA剪切產(chǎn)生，21nt，作用機(jī)制類似于miRNA；ra-siRNA：由重復(fù)序列、轉(zhuǎn)座子、異染色質(zhì)產(chǎn)生，多為24nt；nat-siRNA：由天然反義轉(zhuǎn)錄本（序列與同區(qū)域互補(bǔ)鏈上基因的mRNA方向相反且發(fā)生部分重疊）產(chǎn)生。siRNA的功能主要與植物脅迫和生物發(fā)育相關(guān)。
技術(shù)優(yōu)勢：
（1）完整性好：一次實(shí)驗(yàn)可以同時(shí)檢測多種small RNA,信息來源于數(shù)據(jù)庫同步；
（2）可靠性強(qiáng)：高數(shù)據(jù)量保證不同豐度small RNA都能準(zhǔn)確定量；
（3）前瞻性好：能發(fā)現(xiàn)未知的small RNA信息，適合所有物種的研究。
技術(shù)線路：
樣本準(zhǔn)備：
（1）樣品類型：細(xì)胞、新鮮組織或RNA樣品。
（2）樣品量：細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?×107個(gè)細(xì)胞，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，RNA樣品請?zhí)峁? μg以上的總RNA。
（3）樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
（4）樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。
（5）樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。
數(shù)據(jù)分析：
應(yīng)用案例：
研究背景：
為了更好理解調(diào)控RNA的進(jìn)化，通過深度測序檢測線蟲和三個(gè)近緣物種(C.briggsae，C.remanei，和C.brenneri) 的小分子RNA ( miRNA,siRNA,piRNA)。結(jié)果表明小RNA途徑整體并非一成不變, 本質(zhì)上沒有保守的特定序列。除了一小部分miRNA保守外,多數(shù)miRNA是種屬特異性的. 盡管piRNA和siRNA并沒有保守的特征序列，但是在各自途徑的許多特性卻是保守的。最后，我們發(fā)現(xiàn)性別特異性的piRNA在所有四個(gè)品種中保守，這表明piRNA在不同生殖系統(tǒng)中扮演不同的角色。
研究方法：
分析結(jié)果:
1. 不同物種間檢測到的miRNA。
2. 不同性別個(gè)體中piRNA的表達(dá)差異。
