有參考基因組的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。通過轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，能夠全面獲得物種特定組織或器官的轉(zhuǎn)錄本信息，從而進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)研究、變異研究、基因表達(dá)水平研究以及轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)等研究。
技術(shù)線路：
樣本準(zhǔn)備：
（1）樣品類型：細(xì)胞、新鮮組織或RNA樣品。
（2）樣品的量：細(xì)胞樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?×107個(gè)細(xì)胞，組織樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，RNA樣品請(qǐng)?zhí)峁? μg以上的總RNA。
（3）樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
（4）樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。
（5）樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。
數(shù)據(jù)分析：
應(yīng)用案例：
研究人員選用6頭感染牛結(jié)核的荷斯坦母牛，從其單核巨噬細(xì)胞（monocyte-derived macrophages，MDM）樣本中抽提RNA，進(jìn)行測(cè)序。平均每個(gè)樣本得到7.2M reads，與未感染結(jié)核桿菌的樣本相比，感染結(jié)核桿菌后分別有2584個(gè)正義鏈基因和757個(gè)反義鏈基因差異表達(dá)。GO分析表明：這些差異表達(dá)的基因主要與免疫、細(xì)胞凋亡和信號(hào)傳導(dǎo)相關(guān)。同時(shí)與高密度的Affymetrix基因芯片的方法進(jìn)行比較，數(shù)據(jù)結(jié)果顯示：在基因轉(zhuǎn)錄的檢測(cè)與定量上，RNA-seq獲得更多的差異表達(dá)基因，具有更大的動(dòng)態(tài)范圍。本研究突出了RNA-seq在免疫調(diào)控機(jī)制形成方面的應(yīng)用。
研究方法：
結(jié)果分析：
映射到黃牛參考基因組上特殊和復(fù)雜位置的序列
在感染牛結(jié)核病24h后，死亡受體的信號(hào)通路
