10x Genomics 單細(xì)胞ATAC-seq
在解決細(xì)胞異質(zhì)性的同時，研究表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)制
同時結(jié)合motif分析來識別參與基因表達(dá)調(diào)控的轉(zhuǎn)錄因子
是單細(xì)胞表觀遺傳學(xué)的重要突破
單細(xì)胞基因組染色質(zhì)可接近性分析
10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution（10x scATAC-seq）是在單細(xì)胞表觀基因組學(xué)水平上揭示染色質(zhì)可接近性的研究策略。通過單細(xì)胞染色質(zhì)可接近性圖譜構(gòu)建，不僅能清晰了解染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，還可以繪制高分辨率轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，為深入了解疾病的診斷和治療鋪平道路。
技術(shù)原理
樣本準(zhǔn)備：
（1）細(xì)胞類型：細(xì)胞系，PBMC，新鮮組織；
（2）細(xì)胞來源：血液提取、磁珠富集、流式分選、組織解離；
（3）細(xì)胞大�。褐睆�<40 μm；
（4）細(xì)胞濃度：5×105~1.2×106/ml；
（5）細(xì)胞活性：>90%；
（6）細(xì)胞數(shù)目：≥ 1×105 cells/sample。
（7）保存運(yùn)輸：建議選擇上門服務(wù)，減少風(fēng)險�。�
數(shù)據(jù)分析：
應(yīng)用案例：
研究人員通過單細(xì)胞ATAC-Seq的研究策略，分析了10類已定義的人類造血系統(tǒng)分化細(xì)胞類型中染色質(zhì)可接近性的數(shù)據(jù)，構(gòu)建造血細(xì)胞分化中染色質(zhì)可接近性狀態(tài)的變化軌跡；并整合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，構(gòu)建了轉(zhuǎn)錄因子動態(tài)調(diào)控軌跡。
從單細(xì)胞RNA-seq和ATAC-seq的整合分析提供了對人類造血功能的調(diào)節(jié)特征和動態(tài)的見解，在實驗或計算上整合多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)類型的進(jìn)一步改進(jìn)將為發(fā)育或疾病細(xì)胞命運(yùn)決策提供單細(xì)胞水平上的視角。期望未來的工作結(jié)合單細(xì)胞表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和譜系測量可以揭示對啟動調(diào)節(jié)多種細(xì)胞命運(yùn)轉(zhuǎn)換的調(diào)節(jié)因子的分子機(jī)制和時間順序的重要見解。
