10x Genomics 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
單細(xì)胞水平的高通量基因表達(dá)譜分析;
對復(fù)雜細(xì)胞群體深入分析，表征單個細(xì)胞的表達(dá)譜
可同時檢測CRISPR干擾、細(xì)胞表面蛋白
避免單個細(xì)胞的異質(zhì)性生物學(xué)信息被大量細(xì)胞的均質(zhì)化掩蓋
10x 助力大規(guī)模單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
Single Cell Gene Expression 和 Cell Surface Proteins技術(shù)聯(lián)合
與BioLegend TotalSeq™-抗體試劑聯(lián)合使用：需用BioLegend TotalSeq™-抗體孵育單細(xì)胞懸液依托10x Genomics ChromiumTM系統(tǒng)構(gòu)建GEM通過10x Gel Bead的Capture Sequence直接捕獲細(xì)胞表面蛋白信息與BioLegend TotalSeq™-抗體試劑聯(lián)合使用：
>>>需用BioLegend TotalSeq™-抗體孵育單細(xì)胞懸液
>>>依托10x Genomics ChromiumTM系統(tǒng)構(gòu)建GEM
>>>通過10x Gel Bead的Capture Sequence直接捕獲細(xì)胞表面蛋白信息
利用抗體相關(guān)聯(lián)的Feature Barcode（細(xì)胞表面蛋白偶聯(lián)寡核苷酸）鑒定細(xì)胞表面蛋白
聯(lián)合優(yōu)勢>>>測量細(xì)胞表面蛋白標(biāo)記物、剪接亞型和翻譯后修飾，以識別細(xì)胞類型和狀態(tài)，并檢測罕見的細(xì)胞類型>>>檢測RNA水平難以測量的標(biāo)記物>>>評估m(xù)RNA和蛋白表達(dá)譜的差異>>>與單獨的轉(zhuǎn)錄組測量相比，獲得更詳細(xì)的細(xì)胞表型特征
應(yīng)用方向癌癥>>>研究癌癥的發(fā)病途徑和其他復(fù)雜的生物系統(tǒng)>>>識別不同類型癌癥的生物標(biāo)志物>>>基于蛋白質(zhì)和/或轉(zhuǎn)錄本的癌癥藥物開發(fā)>>>更全面的腫瘤微環(huán)境分析
免疫學(xué)>>>研究受體、細(xì)胞、應(yīng)答細(xì)胞數(shù)量水平上的機制>>>研究淋巴細(xì)胞與靶細(xì)胞之間的動態(tài)相互作用>>>T細(xì)胞基因工程和基于TCR的融合蛋白篩選>>>開發(fā)有效的接種疫苗 (抗體篩選)
神經(jīng)科學(xué)與傳染病>>>發(fā)現(xiàn)罕見的細(xì)胞類型和新的生物標(biāo)記>>>更完整的通路和細(xì)胞信號分析
人體細(xì)胞圖譜/組織編目>>>增強組織和器官的表型>>>構(gòu)建更完整的框架以更好地了解疾病狀態(tài)
數(shù)據(jù)分析：
應(yīng)用案例：
1. 腫瘤異質(zhì)性：腦膠質(zhì)瘤、黑色素瘤、乳腺癌、前列腺癌等。
研究人員通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析的方法，在移植瘤或正常人心臟中活性血管生成期間，研究小鼠內(nèi)皮細(xì)胞及其他基質(zhì)細(xì)胞的異質(zhì)性。他們將腫瘤內(nèi)皮細(xì)胞分為三個亞群，還對其他腫瘤基質(zhì)細(xì)胞進(jìn)行了表型分類，發(fā)現(xiàn)腫瘤相關(guān)成纖維細(xì)胞（TAF）通過上調(diào)缺氧相關(guān)基因并產(chǎn)生與血管生成有關(guān)的分泌因子來對抗血管生成藥物治療作出反應(yīng)�？傮w而言，此研究更好地定義了腫瘤內(nèi)皮細(xì)胞和其他基質(zhì)細(xì)胞的異質(zhì)性，揭示了VEGF和Dll4-Notch在指定腫瘤內(nèi)皮表型中的作用，突出了基質(zhì)細(xì)胞對抗血管生成治療的反應(yīng)。（Cancer Res; 78(9); 2370–82.）
心臟中的細(xì)胞群和內(nèi)皮細(xì)胞亞群
2. 胚胎發(fā)育：胚胎干細(xì)胞分化、植入前胚胎篩查。
皮層中間神經(jīng)元的多種亞群在高階腦功能中起著至關(guān)重要的作用。為研究如何產(chǎn)生這種多樣性，研究人員選擇單細(xì)胞RNA測序來描繪沿著發(fā)育時間收集到的小鼠細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄表達(dá)情況。通過整合不同發(fā)育時間點的數(shù)據(jù)集，確定了成人中間神經(jīng)元及其前體之間轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性的共同來源，并揭示了主要中間神經(jīng)元亞型的胚胎發(fā)生。（Nature. 2018 Mar 22; 555(7697): 457-462.）
3. 細(xì)胞圖譜
心臟纖維素的形成，對于理解心臟發(fā)育和正常器官功能以及制定對抗心臟病的治療策略必不可少。研究人員使用單細(xì)胞RNA測序?qū)π∈蠓切募〖?xì)胞的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄譜進(jìn)行了全面的分析，揭示了心臟纖維素的多樣性及廣泛的細(xì)胞間通訊網(wǎng)絡(luò)。研究重塑了作者對心臟細(xì)胞組成的理解，并強調(diào)了非心肌細(xì)胞類型的重要作用。（Cell Rep. 2018 Jan 16; 22(3): 600-610.）
